В культуре возделывают 3 подвида батуна, которые отличаются по морфологическим и хозяйственным признакам. Некоторые авторы причисляют в качестве четвертого подвида лук многоярусный, который обычно выделяют в самостоятельный вид.

Подвид русский. К нему относятся невысокие, сильно ветвящиеся (на 3—4-й год имеет до 30— 50 ветвей) растения с мелкими темно-зелеными листьями, острыми на вкус и быстро грубеющими. Морозостойкий. Выращивается в северных и центральных районах России.

Подвид японский выращивают в Японии и Корее. Растения средней мощности, средневетвистые (на 2-й год образуются 2—3 ветви), с нежными поникающими в верхней части листьями, полуострыми на вкус.

Подвид китайский. Растения очень крупные, высотой до 130 см, отличаются пониженной способностью к ветвлению (в первый год не ветвятся, на 2—3-й год образуют 3—5 ветвей). Листья темно-зеленые, сочные, на вкус острые, долго не грубеют. Менее зимостойкий по сравнению с двумя другими подвидами.